mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure GATCGGTTCGGTTCGGTTCGG GAATAAGAACCGAACTCAATAA ATTTTATGAAAAGAACCGAATAAGAACCGAACTCAATAAGAACCGAACTCAAACGGTTCTTTTCGGATCGGTTCGGTTCGGTTCGGTTTTTTCAGTTCTG AGCTTTCTTCTCAGCAGCGTCAGCTTTGCTTTTGGCTGACTGAATGTCTTCTTTTATCTTTCGGTCATGACGGCCGACCTTCACCTTATAGTAAGTGGCCATGCAGCCAAGGTGAAAAGCACTTAACTGCATAACCCCCACCAACTCGCCTAGAGTGCTGCCATCAAAATCCTCAAAGTGCTTTTTGCTCACGAGCCTAGAAAACTCGCTGATATAGGGGACTAGATGCTCTGGTTAAGGGTGGGCACGGTTCGGTTCGATTCGAAATTAAGTAGAACCGATTTAAATCAGTAATTTTATGAAAAGAACCGAATAAGAACCGAACTCAATAAGAACCGAACTCAAACGGTTCTTTTCGGATCGGTTCGGTTCGGTTCGGTTTTTTCAGTTCTGGGCCTATTGGGCCTATTTTGAATTTTTAAATTTTTAGCCCATTGGGCCTCATGAATGTAATAATTTTTTTCAACAATTAATTTATCCTAATTTTATTACAAATATTAACAATAAATACAAAGTATTTAAAACACATTTTATCACTAATATCTTACTAACTATTAATAAGATACTCCCAAAATATGAAATATTAAAATTTCAAAATACATAACCAAACTCCAATACTCCATCTATATAAACATAGTCATAATGTTATAAAGAGAAATAACACATGTTTGATTTGAATAAAATTATTAACACATGTTTGATTTGAATAAAATAAAAAAATAATTCGGTTTTTCGGTTCAGCTAAGTGAACCGAATACCAAACTGACATTTCAGTTTTTTTTACAAACGGT 5 1 3' arm Citrus_sinensis mirnest 100 100 -38.1 ......((((((.((((((((..((((((((((....((((((((........))))))))........)))))))))).))))))))))))))...... (-38.1)