mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure GTTCGGTTCGGTTCGGTTTTT AGAACCGAATAAGAACCGAACTC AATTTTATGAAAAGAACCGAATAAGAACCGAACTCAATAAGAACCGAACTCAAACGGTTCTTTTCGGATCGGTTCGGTTCGGTTCGGTTTTTTCAGTTCTG AGCTTTCTTCTCAGCAGCGTCAGCTTTGCTTTTGGCTGACTGAATGTCTTCTTTTATCTTTCGGTCATGACGGCCGACCTTCACCTTATAGTAAGTGGCCATGCAGCCAAGGTGAAAAGCACTTAACTGCATAACCCCCACCAACTCGCCTAGAGTGCTGCCATCAAAATCCTCAAAGTGCTTTTTGCTCACGAGCCTAGAAAACTCGCTGATATAGGGGACTAGATGCTCTGGTTAAGGGTGGGCACGGTTCGGTTCGATTCGAAATTAAGTAGAACCGATTTAAATCAGTAATTTTATGAAAAGAACCGAATAAGAACCGAACTCAATAAGAACCGAACTCAAACGGTTCTTTTCGGATCGGTTCGGTTCGGTTCGGTTTTTTCAGTTCTGGGCCTATTGGGCCTATTTTGAATTTTTAAATTTTTAGCCCATTGGGCCTCATGAATGTAATAATTTTTTTCAACAATTAATTTATCCTAATTTTATTACAAATATTAACAATAAATACAAAGTATTTAAAACACATTTTATCACTAATATCTTACTAACTATTAATAAGATACTCCCAAAATATGAAATATTAAAATTTCAAAATACATAACCAAACTCCAATACTCCATCTATATAAACATAGTCATAATGTTATAAAGAGAAATAACACATGTTTGATTTGAATAAAATTATTAACACATGTTTGATTTGAATAAAATAAAAAAATAATTCGGTTTTTCGGTTCAGCTAAGTGAACCGAATACCAAACTGACATTTCAGTTTTTTTTACAAACGGT 1 2 3' arm Citrus_sinensis mirnest 100 100 -38.1 .......((((((.((((((((..((((((((((....((((((((........))))))))........)))))))))).))))))))))))))...... (-38.1)