mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure AGTTATATTTAAGTTGGATTTT AATCCAACTTAAACATACTTT ACACACAAGTTATATTTAAGTTGGATTTTGACTAACAAGTGGAATACAGGACGAGCGTTTCGTTCTATTTGGGATGCAGGTACATCCAGCCAATCAGTCCCAAATAAGACGAAACGCGTATTGTAGATCTACCTGCTGGTCACAATCCAACTTAAACATACTTTTCTGT 2 1 5' arm Schistosoma_japonicum 20092619 Hammerhead_1 1e-17 100 -70.3 (((.(.((((.((.(((((((((((((.((((((.((.(((((.(((((.....(((((((((..((((((((((...(((.......))).....))))))))))..)))))))))...)))))..))))).)).)))))).))))))))))))).)))))).).))) (-70.30)