mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure CTTTCTAGCATTGTCCACATT TACAGGTAATGCTAGAAAGTC AATGATACTTCCTCCGTTTCATAATGTAAGACTTTCTAGCATTGTCCACATTTATATATATGCTAATGAATCTAAGCACACATATATGTTTAGATTTATTGACATCTATATGAATACAGGTAATGCTAGAAAGTCTTACATTATGAAACAGAGGTTATGAAAC TGCCAAGTTCTGCATTGCAAGGTTCTTTCACACTGGTGACTTTGGCGATGGATTGAGTGGCCAGAATGTTTCTGTCCTGACTGGTGTAGAGTTTACCCATGCCAATGTTGACCATGAGAATATTGGATTGATCAAGCACAAATCGAGATGTCACAAGTCTAGCTGCGGTGAGGAGACCATCACGGCAGTTTTCTGATTAATTTAAGGGCTGACTCCCCATCCTTTGAATAATTTTCTGTCTCTCTCTTTAAGAGAACTTGTGTCTCGTCCTAATTTTACTTTAGCATAATAAAAATGATACTTCCTCCGTTTCATAATGTAAGACTTTCTAGCATTGTCCACATTTATATATATGCTAATGAATCTAAGCACACATATATGTTTAGATTTATTGACATCTATATGAATACAGGTAATGCTAGAAAGTCTTACATTATGAAACAGAGGTTATGAAACAGAGGTAGTACCTTCGTTGTCCGCATGTTGTAATTGTCTCCTGCACTTAAGTAACTGTACCATTTACTACTACTAGTAACTACTATAAACTTACTCTT 2 2 5' arm Oryza_sativa mirnest MIR1122 2e-44 osa-MIR819k 7e-31 -68.2 ....(((...((((.(((((((((((((((((((((((((((((.((..(((((((((.(((.(((((((((((((((........))))))))))))))).))).)))))))))...))))))))))))))))))))))))))))))).)))).)))..... (-68.2)