mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure GGCCGGGGGACGGACTGGGAA CCCAGTCCCGAACCCGTCGG TCTGAGGGCTGGGCACGGGGGTCCCAGTCCCGAACCCGTCGGCTGTNGGCGGACTGCTCGAGCTGCCACCGCGGCGAGAGCGGGTCGCCGCGTGCCGGCCGGGGGACGGACTGGGAACGGTCCTTTCGGGGGCCTT AACAGCCTCTGGTCGATGGAACAATGTAGGCAAGGGAAGTCGGCAAAATGGATCCGTAACTTCGGGAAAAGGATTGGCTCTGAGGGCTGGGCACGGGGGTCCCAGTCCCGAACCCGTCGGCTGTNGGCGGACTGCTCGAGCTGCCACCGCGGCGAGAGCGGGTCGCCGCGTGCCGGCCGGGGGACGGACTGGGAACGGTCCTTTCGGGGGCCTTCCCCGGGCGTCGAACAGTCGACTCAGAACTGGTACGGACAAGGGGAATCCGACTGTTTAATTAAAACAAAGCATTGCGATGGTCCCTGCGGATGCTCACGCAATGTGATTTCTGCCCAGTGCTCTGAATGTCAAAGTGAAGAAATTCAACCAAGCGCGGGTAAACGGCGGGAGTAACTATGACTCTCTTAAGGTAGCCAAATGCCTCGTCATCTAATTAGTGACGCGCATGAATGGATTAACGAGATTCCCACTGTCCCTGTCTACTATCCAGCGAAACCACAGCCAAGGGAACGGGCTTGGCAGAATCAGCGGGGAAAGAAGACCCTGTTGACTTGACTCTAGTCCGACTTTGTGAAATGACTTGAGAGGTGTAGTANAAGTGGGACCGGAAACG 5 1 3' arm Citrus_unshiu mirnest 100 peu-MIR2911 9e-33 -73 ((((...((...)).))))..(((((((((....(((((((((((..(((((.((((((..(((((....)))))..)))))).))))).)).))))).))))....)))))))))..((((((....)))))).. (-73)