mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TTGGATTGAAGGGAGCTCT AGCTCCTTTAAGTTCAAAC AGAGCTCCTTTAAGTTCAAACGAGAGTTTAGTAGGGTAAAGAAAAGCTGCTAAGCTATGGATCCCATAAGCCCTAATCCTTATAGAGAGAAAAAAAAGGATTTGGTTATATGGCTTGCATATCTTAGGAGCTTTAACTTGCCCTTTAATTGCTTTTACTCTTCTTTGGATTGAAGGGAGCTCT 1 0 3' arm Brassica_rapa micropc MIR159 3e-55 aly-MIR159a 8e-68 -76.84 (((((((((((.((((((((.((((((..((((((((((...((((((.(((((.((((.(..(((((((((..(((((((..............))))))).)))).)))))..).)))).))))).))))))...)))))))......)))...)))))).)))))))).))))))))))) (-76.84)