mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure ATAATAAAAATAATAAT TATTGCTTTTGTTGTTA TATTGCTTTTGTTGTTACAATTTCTGTTGTGGAAAATGTGCTCCAGATGAACAGGATGATCTCGGAGATCCTTTAACCGAGAGAATGGATCTTGAAACTGGAGATCCCCCTGAAAACTTAATCATTACACAACCTTGTGATGCCAATGCATCCAAAGCTTCCTATGGAACAATAGAATAATAATAAAAATAATAAT 3 0 3' arm Manihot_esculenta micropc 100 100 -50.61 (((((.(((((((((((....(((((((((.........(((...((((..((((....((((((...........))))))....(((((((.......))))))).))))..........(((((((......)))))))......))))...)))..........)))))))))))))))))))).))))).. (-50.61)