mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TGCCTGGCTCCCTGTATGCCA GNGTGCACGGAGCCAAGCATA ATCTAAAGCAAAGGTGATGATATTGGGAATGTGCCTGGCTCCCTGTATGCCACTCATCTAGAGCAACAAACTTCTGCGAGAGGTTGCCTATGATGGATGGNGTGCACGGAGCCAAGCATATTCCCTCCTATTTTCCAACCTTCTCCT ATCACCACATCATTTCTCTCTCTCTCTCTAGTTCTTCCTAGCTATCTCTCTCTCTCTCTAGATCTTGTCGTCCTCGTCAACAATCCATGGAGAAATTGTGTAGTAGTAGTTCAGGAGATGGTGATTGTTCATATTGCAACATGTATTGTGGTAGCAAATCCATGCATAAGCAATGGCATTGACATGCATGGAGATATATGTGTAGCAAAGATGAGAGATCTAGGTGACAAGAGAAGGAGATGATGGAGATCAATGCATGGATAATTGATCTAAAGCAAAGGTGATGATATTGGGAATGTGCCTGGCTCCCTGTATGCCACTCATCTAGAGCAACAAACTTCTGCGAGAGGTTGCCTATGATGGATGGNGTGCACGGAGCCAAGCATATTCCCTCCTATTTTCCAACCTTCTCCT 3 0 5' arm Oryza_sativa mirnest mir-160 1e-44 osa-MIR160c 2e-49 -58.9 ..........(((((((.((((..((((((((((.(((((((.(((((.(((.((((((((.(((((...(((....)))..)))))))).))))).))).))))).))))))).))))))))))...)))).))..)))))..... (-58.9)