mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TGTGTTCTCAGGTCACCCCT GGGTGCCACCTAAGAACACAGG AGGGGTGCCACCTAAGAACACAGGTCATCCCTTAACCAAATAGCTTGTGTTCTCAGGTCACCCCT 1 2 3' arm Gossypium_hirsutum micropc MIR398 0.0002 gra-MIR398 2e-31 -30.8 (((((((..((((.((((((((((..((...........))..)))))))))).))))))))))) (-30.80)