mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TGCCTGGCTCCCTGTATGCCG GCGTGCGAGGTGCCAAGCATG GATTGTGAAGGGGATGAAAAGGTAGGGGATATGCCTGGCTCCCTGTATGCCGCTCGCATGGCTGCCAACCCAATGAACTCGATCTCGTTGTTGGCCGCTGCGTACGGCGTGCGAGGTGCCAAGCATGGCCCTCTTCCCTTCTCTCTTTCTCTCTC AAACATGCACCATTTCACAGCATTAGCACAACAGACACACCATGCTCTATCCTCCATGTATCCATATCCATATCCATCCATCCATCCATCCATCTTCTCTTCTAGCTAGCCATGCATATCCACTTTGAAAGGGAGAAAAGAAAGAGTGACATAGTTTAAGAGAGACATATAGATATAGGTAGTGTTCATGGTGTTAATTTAGATGTAGTTAGTTTGGTGTGGCAATATGGCGGCATTGGAGGGGAGATATATGTGTGTGTGTTTGGTACTTTGGGTGATTGTGAAGGGGATGAAAAGGTAGGGGATATGCCTGGCTCCCTGTATGCCGCTCGCATGGCTGCCAACCCAATGAACTCGATCTCGTTGTTGGCCGCTGCGTACGGCGTGCGAGGTGCCAAGCATGGCCCTCTTCCCTTCTCTCTTTCTCTCTCTCTACATCTCTCTCTTCTTTCTTGTTGCATTGCATGTTTTATATATCCTTAGAATGCTTGTTTTCTTTTCTTGTTAAGTAATCATCCACATGGATCTAGCTAGTGCATGCACGAATTTTGAGTAAAAAAAAAACAATCAGTGGATATGAACATGACAGTGCATATATATATACAGCATTTACATCATTGCATGCCCGAGCTAGTCTAATTTTTGGAATTTCTCTGAAGTCAGATAGCTAGCCTTTGTAGATTAATTATATATTACTGTGTGCATTGCATGCATTTGCATTTACTCGCTGCGTTTCTGATGTATATATACGTACTCCTACATTGTTTATCTTGTGATGAAAATCAGATCATGCATGTGAACTAATATGATAGATTAATTATAGTAGTATAATTTCAATACTGCCTTGTAAATACTTTATTTCTTTAATGGAAAAAATACGCTCCTTGCGTATTCCCGAAATATTTTTCATACTGAAACCTTTGGTAAGTTCTGAACTTGCTTGAGTTTAAGCAAAGAAATGGGCCAATCAATTCGAAAATCTTTCCCTTGATCCTGCCTTCCCCCCTAAATAAGGTTGACCGGCCGGCCCCCGCCCCCCCCCCCCCCCCCTCCGGGGGAGAGTGTTACACCCCCCCCCGGCCCCCCCCCCTCAATCACAAAATGGAAAAAAAAAGAAAAAAAATAGAAACCCCCCCCCCCGTTCCGAAAAAAAAAAAAAAAGAAACACCCCCCCCACCAAAACGCCCAAACCCCCCGGAAGAAAATATATTCTCTTTCCCCTCCATAAAAGAGAAGAGGGGGGGGGGGGTGGGGGTGGTGGAAAAACCAGCCGCCCCGCCGCGCCCCGCGGGCGGGCGCGGCCCCCCGCGCCCCCGGACACGCGCCCGCCCGCGC 3 0 5' arm Oryza_sativa mirnest mir-160 2e-50 osa-MIR160e 4e-60 -64.6 ......((((((((.(((..((.(((((.(((((.((((.((.(((((((((..(((..(((.((((((..(((((........))))))))))).))))))..))))))))).)).)))).)))))..))))).)).)))))))))))...... (-64.6)