mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TGTGTTCTCAGGTCACCCCT GAGTGAACCTGAGAACAGAGG TGCAACAGATGTGAACCCCAGAGGAGTGAACCTGAGAACAGAGGGTGGCGTTGGCTTAAATTTGATTTGCATTGCTGCTGCCTGCTCCTGCCATACATTAAATCAAAAAGATTGTATGTGGCCAACGCACCTTGTGTTCTCAGGTCACCCCTTTGGGAATTCAATTGTCAAT GGCACGAGATTAAGATATATATTATGGCTGCATAATGCAACAGATGTGAACCCCAGAGGAGTGAACCTGAGAACAGAGGGTGGCGTTGGCTTAAATTTGATTTGCATTGCTGCTGCCTGCTCCTGCCATACATTAAATCAAAAAGATTGTATGTGGCCAACGCACCTTGTGTTCTCAGGTCACCCCTTTGGGAATTCAATTGTCAATCAGCACGTGTCATCAAGTTACTCAATTGCTCTAACATTCGCTGCTTCTGATTCAATCTTTAATTTTACCTGATAACATGCATACGTTTCTATCTTGCATGTTTCAGGGAATTGCGCGAAG 2 1 3' arm Citrus_unshiu mirnest MIR398 0.00000001 csi-MIR398 6e-87 -65.1 ....((((...((((.((((((((.((((.((((((((((.((((((.(((((((((((((...))))).((.((.((.....))....)).))((((..((((.....))))..)))))))))))))))))).)))))))))))))).))))))))..)))).)))).... (-65.1)