mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TGCAGTTGCTGCCTCAAGCTT GCTAGAGGCACCAACTGCATA TCTTCTTGTAGGTTTTGTAACCAGGGGCAATAAGCTAGAGGCACCAACTGCATAACTTGCGAGAAACTTGTTGGATGATGATCTTGCCAATGATTTTGCCGCAAGTTATGCAGTTGCTGCCTCAAGCTTACTGCCTTTGTTTGCTAAACCATGAAACCA TTTTAGAGTTGGAGAGGCCTCCATTGTGTGTGATGCATATTTTCCACTTCGGATGGCTAATAAAGTAATAATAACATAGCAAAACTATATTTGTTATTGACAATACTTGACACTTGATTGTGCTAACATTTACTAGTTCTTCTTGTAGGTTTTGTAACCAGGGGCAATAAGCTAGAGGCACCAACTGCATAACTTGCGAGAAACTTGTTGGATGATGATCTTGCCAATGATTTTGCCGCAAGTTATGCAGTTGCTGCCTCAAGCTTACTGCCTTTGTTTGCTAAACCATGAAACCAGCACAACAATAAGAGACTCCAATTCCAAGAGACCTTCCAGGAAATCTTTAGTAGGCATCATATGTTCAATACAAATATACCTGAGGTTGTTAGAGCAAATTATCTGCTCATGTACGATTACACTATCTCTATTATCAGAAAATCACAAGAACTTTTGTTGC 2 0 3' arm Oryza_sativa mirnest MIR444 2e-19 osa-MIR444e 1e-75 -74.7 ..........(((((.((((.((((((((.((((((.((((((.(((((((((((((((((..(((.(((((((..((...))...))))))).)))..))))))))))))))))).)))))).)))))).)))))))).)))).)))))......... (-74.7)