mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TTGCTGCCTCAAGCTTGCTGC AGCAAGCTAGAGGTGGCAACT AGATATGCAATTGGGGGCAGCAAGCTAGAGGTGGCAACTGCATAATTTGCAAGAAATTGTTGGCTGAAGATCATACCGATGATATTCTTGCAAGTTATGCAGTTGCTGCCTCAAGCTTGCTGCCTCCTGTTGCCAAAG AAACTCGTTGTCGTCGTCCCGTGCGGTGCGGCCCCCGCTACCCGCCGCGCGATGCCCCCTCTTCTCCGCCCGCCTGATCTAGGGTTTTACTGGAGCCGCCGCGCGCAGCGACCAGCCGACCACGGACGAGGACGAGGGGATCAGATATGCAATTGGGGGCAGCAAGCTAGAGGTGGCAACTGCATAATTTGCAAGAAATTGTTGGCTGAAGATCATACCGATGATATTCTTGCAAGTTATGCAGTTGCTGCCTCAAGCTTGCTGCCTCCTGTTGCCAAAGCTAGTAAAATGAAAACATTAAATTAGTATAGCTGGACGGTTTTTCTTGCAGCCTTATGTTCTTCTCTTCAGCTCATGAATTTCTAT 1 0 3' arm Oryza_sativa mirnest MIR444 7e-68 osa-MIR444a 2e-70 -83.8 ......(((((.((((((((((((((.((((((((((((((((((((((((((((((((((((.(((...)))..)))))))).)))))))))))))))))))))))))))).)))))))))))))).)))))..... (-83.8)