mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TTGTGGCTTTCTTGCAAGTTG ACTTGCAAGAAAGGCACAAAA TTATTGCACATGGTGGCACCAAGCATGAGGCAACAACTGCATTACTTGCAAGAAAGGCACAAAATCATTAGATGATTACTTGTGGCTTTCTTGCAAGTTGTGCAGTTGCTGCCTCAAGCTTGCTGCCTCCCTCTGCCAAA ACTGCGCCAATTTTCCTGCCTTTTCTACCCCCCACTTGGAATTCTGGAAACATCGATTCGATCCTTCTAGACCCTTCTCCGCCCCCGTTTTAAAGTGCGCCGGCCTCCCACCCGTCGCTTCATCGCTCGCGGTCGCAGTCGCAGTCGCCCACACCCTTGCCGCACCATGGCTGGAACCCGCGGCGGATTCGAGTTATTGCACATGGTGGCACCAAGCATGAGGCAACAACTGCATTACTTGCAAGAAAGGCACAAAATCATTAGATGATTACTTGTGGCTTTCTTGCAAGTTGTGCAGTTGCTGCCTCAAGCTTGCTGCCTCCCTCTGCCAAATCTATCAGCAAAAAAAGAAAATCATGTCAGTTTCCTTGAACTATATACATATGATTAATCTAGAAACGCAGTATGTT 2 0 3' arm Oryza_sativa mirnest MIR444 7e-28 osa-MIR444d 1e-75 -72 .....(((...((.((((.(((((.(((((((.(((((((((.(((((((((((((.(((((((((((...))))))..))))).))))))))))))).))))))))).))))))).))))).))))..))..))).... (-72)