mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TGTTGCCTCAAGCTTGCTGCC CACCAAGCATGAGGTTACAAC TCGAGTTATTGCATATGGTGGCACCAAGCATGAGGTTACAACTGCATTACTTGCAAGGGAATCACAAGTCACAAGAAACACATGTTATTACAATGGATAATCAATGGGTCATCATACTATGACTTTCTTGCAAGTTGTGCAGTTGTTGCCTCAAGCTTGCTGCCTCCGTCTGTCAGAACTGC GCACGAGGCGAAGCCATCGAGTTATTGCATATGGTGGCACCAAGCATGAGGTTACAACTGCATTACTTGCAAGGGAATCACAAGTCACAAGAAACACATGTTATTACAATGGATAATCAATGGGTCATCATACTATGACTTTCTTGCAAGTTGTGCAGTTGTTGCCTCAAGCTTGCTGCCTCCGTCTGTCAGAACTGCAACTAAGCTAGGAAGTTCAATCAGTTTTTTTTTTTTTTATCTTGAACAGTAAATTCAATGTTGACAATTAATGTAGTAATGATTTCTTAAGGAATGAATACTAATTTTGTGTTCATGGGGATCGATAGTCTTTTTTAAACATCATGTTTAAACACGATCATTACTGGTGCTTTGAGTAGAGCCTAANAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA 3 0 3' arm Oryza_sativa mirnest MIR444 3e-89 osa-MIR444f 6e-84 -70.7 ...((((...(((.((((.((((.(((((.((((((.((((((((((.((((((((((((.(((..(((.....((....(((((((((......))))))..)))..)).....))).))).)))))))))))).)))))))))).)))))).))))).)))).)))).)))...)))).. (-70.7)