mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure GGAATGTTGTCTGGTTCAATG TCGGACCAGGCTTCATTCCCC ATTGATAGTATGAAGCTATTTGCTTCTGAGTGGAATGTTGTCTGGTTCAATGTCTCATACACCTTGTGGTTTTGAGGATGATTTGTGCAAGGTTTTTCATTCCTCTCATCCGTGGGATCTCGGACCAGGCTTCATTCCCCTCAGAGATAGCTTCAAAACATTAGATCT GCACGAGGGACTAATTGATGAGAGAGAGAGAGGAGGGGAAAGGAAAATTGATAGTATGAAGCTATTTGCTTCTGAGTGGAATGTTGTCTGGTTCAATGTCTCATACACCTTGTGGTTTTGAGGATGATTTGTGCAAGGTTTTTCATTCCTCTCATCCGTGGGATCTCGGACCAGGCTTCATTCCCCTCAGAGATAGCTTCAAAACATTAGATCTATAGTTCTCGCTATTATTTCTTCACTTTCTTCCCTCTATTATTGGGGATTTCATTTTTCATGTGATGTTTGTTTCGGTT 5 0 5' arm Oryza_sativa mirnest mir-166 1e-60 osa-MIR166a 2e-71 -54 ..........((((((((((....((((((.((((((..(((((((((...((((((.(((...)))((....((((((((.((......))....))).)))))....)).))))))...)))))))))..)))))).))))))))))))))))............. (-54)