mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure ATGCACTGCCTCTTCCCTGGC CGGGGAACAGGCAGAGCATGG AGACAAAAGACGGGGAACAGGCAGAGCATGGATGGAACCATTAACAGGTTCTCTGTTTTGGCTCCTCCCATGCACTGCCTCTTCCCTGGCTCTCTGC GTGTAGCCCAGGTAAGGTTTTTGAGGGAGTGAGAGCCGGACTCTGAGACGGCAATGGTAAGGGGGGTACGAGGTAATAATAACTCTTTGGTGTGTGCGTGAGAGAGAGGCAAGAAGCAAGAGACAAAAGACGGGGAACAGGCAGAGCATGGATGGAACCATTAACAGGTTCTCTGTTTTGGCTCCTCCCATGCACTGCCTCTTCCCTGGCTCTCTGCCTTCCTCGTCTTTTTCTCTCCATTTACTTTTTCATTTCTGTTGCCTTGCTGCTTGGCATTCATTTATTTGATGTTATCTGCAATTTTTACTTTTGTTATAACAGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTATTTATATTGACATCTTTTTTGACAAATTTGTGACATTTTTCATTGCTCAAAATCTAGCAACCTCATTAAAGATCATGCAGCAGAGGATGTGAATGCGGCTATAATTATTTAATTATGGCTTCAGCCCCAGCAGCACGGCGGCCGAAATACTTTCTTGTTAAGGGCTTTCTTTTGTAACAAATTAATAAATCGTGCACAATCTCTTTTTCTTTTCTTTTCNGCATANATGAACTAATGTAACACTAATAATGTCTACGAATGA 4 0 3' arm Citrus_unshiu mirnest MIR408 2e-17 csi-MIR408 3e-50 -45.2 ..........(((((((.((((((.((((((..(((.(((..((((((...)))))).))).)))..)))))).)))))).)))))))......... (-45.2)