mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure GGAATGTTGTCTGGTTCAAGG TCGGACCAGGCTTCATTCCCC ATTGATAGTATGAAGCTATTTGCTTCTGAGTGGAATGTTGTCTGGTTCAAGGTCTCATACACCTTGTGGTTTTGAGGATGATTTGTGCAAGGTTTTTCATTCCTCTCATCCGTGGGATCTCGGACCAGGCTTCATTCCCCTCAGAGATAGCTTCAAAACATTAGATCT AAGGGAAGAATATCACAGGATGAGAACTAGATAGATAGAGAGAGAGAGAGGAGGGGAAAGGAAAATTGATAGTATGAAGCTATTTGCTTCTGAGTGGAATGTTGTCTGGTTCAAGGTCTCATACACCTTGTGGTTTTGAGGATGATTTGTGCAAGGTTTTTCATTCCTCTCATCCGTGGGATCTCGGACCAGGCTTCATTCCCCTCAGAGATAGCTTCAAAACATTAGATCTATAGTTCTCGCTATTATTTCTTCACTTTCTTCCCTCTATTATTGGGGATTTCATTTTTCATGTGATGTTTGTTTCGGTTTATTTTTGTTGGTTTGTTGAGAACCGAGGATGCTGTTTCATGATTTCACTGCTTTTTTGTTTGGTTGTTTGTGTTTGCTTAGAACCGAGGAGAGATCGAAGATTGGTGTAATGATGGCTTGCTTTGACTCCTCTTTTCTCTGTCTCTCTGGCAGGCGCTGGAAAGTTTCATCATTACCTTTTGATTGGGGGAATCTTCCTTGACATTCTCTCTCCCTCTCTTCTATTTCATTATCTTCTCTCTTTATTTCTTCCATTCTGTTTAGTTTCTTCATTTTCACAGGTGTTCTTTTCCCTGCTTCCTTTTCTCTTCAATGAAAGATATACTTATGTTACTTCAACAAGTTAGCATAAAATTTGATGTATATCTGGATCTGGTTATATTACCAAAAGAGAAAAAGCTCTAGCTAGCTAGCAACGACATGCATAAGAGCTATAGCTTAGCCAGCTAGGGGTTGTCTTCTCGGTGATGCTGTGCAGCCTGGCTGCTCTTATGTGATTCAAGGTGGAACATGTAGTGGGCTCATAATTATGCAGTATTGGTGGTTGGAATAGAAGGGGGATATATTTGAAATGGTTTTCCGGGAAAACTTTTCCGGATTTTTTTTTAACTAAACTTCCATCCCCCAGTATGGGTTTTTTTAATTTGCCCTTATCCCCAGGGTTTCAACCTGATTTTGGTCTTGGGTTTAAAAGCCCCAAAAAAAACTTTTTGGGAAAAAACTGGGAGGCTCTAAATTAACGCTACAAAAAAAACCCCCAAAATTCTGAATCCCAAAAGAACCTTGTGGTTTTTAACCCCTTTCCTCGATCACCCCCCCTTTTTCCAAAAAAAAGGTGTTTTGTGTTTAAAAAAAAAAAAAGGAAAAAAGGGGGGGGGGGGGAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAACCCCCCCGCGGGGGAAGTGGGTGGGG 3 0 5' arm Oryza_sativa mirnest mir-166 5e-63 osa-MIR166a 8e-74 -59.5 ..........((((((((((....((((((.((((((..(((((((((.((((((((.(((...)))((....((((((((.((......))....))).)))))....)).)))))))).)))))))))..)))))).))))))))))))))))............. (-59.5)