mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure ATGCGCTGCCTCTTCCCTGGC CGGGGAACAGGCAGAGCATGG AGACAAAAGACGGGGAACAGGCAGAGCATGGATGGAACCATTAACAGGTTCTCTGTTTTGGCTCCTCCCATGCGCTGCCTCTTCCCTGGCTCTCTGC CATGCGTGTACTGATTTAACATCAACACTTGTTATCTTCCTTCCTGAGCCTGAGCCTGAGCCTGAGCATTGTAGCCCAGGTAAGGTTTTTGAGGGAGTGAGAGCCGGACTCTGAGACGGCAATGGTAAGGGGGGTACGAGGTAATAATAACTCTTTGGTGTGTGCGTGAGAGAGAGGCAAGAAGCAAGAGACAAAAGACGGGGAACAGGCAGAGCATGGATGGAACCATTAACAGGTTCTCTGTTTTGGCTCCTCCCATGCGCTGCCTCTTCCCTGGCTCTCTGCCTTCCTCGTCTTTTTCTCTCCATTTACTTTTTCATTTCTGTTGCCTTGCTGCTTGGCATTCATTTATTTGATGTTATCTGCAATTTTTACTGTTGTTATAACAGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTATTTATATTGACATCTTTTTTGACAAATTTGTGACATTTTTCATTGCTCAAAATCTAGCAACCTCATTAAAGATCATGCAGCAGAGGATGTGAATGCGGCNATAATTATTTAATTATGGCTTCAGCCCCAGCAGCACGGCGGCCGAAATACTTTCTTGTTAAGGGCTTTCTTTTGTAACAAATTAATAAATCGTGCAGCAGATTCTTCTTTTTTTTTCTTTTTTCTTTTTTTCTAGTCAAATTAATAATTGTAGATCTTAAATTGTTTCAAACAACATAATAATAAAATGTATACTTCACCAGAGAAAATTTTGG 4 0 3' arm Citrus_unshiu mirnest MIR408 0.000000000000006 csi-MIR408 8e-48 -45.2 ..........(((((((.((((((.((((((..(((.(((..((((((...)))))).))).)))..)))))).)))))).)))))))......... (-45.2)