mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TTACATTGTGAAACGGGGGGA CCTCCGTTTCACAATGTAAGT CAGTTGTACTTCCTCCGTTTCACAATGTAAGTCATCATAGCCATTTCCCATATTTATAATGATGTTAATGAATCTATCATAGATATATATGTCCTAGATTTATTNAACGTCAATATGAATATAGGAAATGCTAGAATGACTTACATTGTGAAACGGGGGGAGTATATAT AGGGATGGAAGTCACTGNCTTGTGATGCTGATTATAAGCGCNTATTGGCAAATGGCATTGGACTTAGGCTCGTTTGTAATTTTACAGTAGTACATACAGCTAGTTTTTTTTTTNCCTTTTGGCCGCCTTCCAGTTGTACTTCCTCCGTTTCACAATGTAAGTCATCATAGCCATTTCCCATATTTATAATGATGTTAATGAATCTATCATAGATATATATGTCCTAGATTTATTNAACGTCAATATGAATATAGGAAATGCTAGAATGACTTACATTGTGAAACGGGGGGAGTATATATGGTTGAAATCTGCACAGGAGAAATTGCAGATGATGGTGCAACTCAGCTTATAGTCGGCTTGATCATTATTCATGTAATTATTTAGCCATGTGTGACAGAAAATGCGAGTGATACGAGATCCTAGAGCAATTCATGCAGCTCTGGTTAGGTGAGTTTGTGATGGTGCAATCAACAGCATATCCAATCAACATTAAGATTTATAAGAGATGAAATGTCTTCAGCAACAAAAAAAAAAAAAAA 0 0 3' arm Oryza_sativa mirnest MIR1122 6e-35 osa-MIR446 8e-40 -83.5 ....(((((((((((((((((((((((((((((((..((((.((((((.(((((((((.(((((((.(((((((((.((((......))))...)))))))))..))))))).))))))))).))))))))))..)))))))))))))))))))))))))))))))... (-83.5)