mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TGAATGTGAGAAATGCTAGAA CTATTATTTCCTATATTCATA AACTACTCCATCCGTTTTACAATGTAAGTCATTCTATTATTTCCTATATTCATATTGATGCTAATGAATCTAGACATATATACCTATCTAGATTCATTAGTATCAATATGAATGTGAGAAATGCTAGAATGACTTACATTGTGAAACGGAAAAAATAGT CGACGAGAGCCGACNTGCGGGAGGAAAAGGCCACGTCTTTGGAGCCGCTCGCCGGAGGGACCATCAGCCAGCTCGTCGTGGACGACGTCGAGCGCCACGGCGGTCTGACCGCCGTCAGCNACCCCAGGAAAGGCGGCTTCCCTTCCGGCTATTAGACCGGAGTGGCTGAGCTATAGCTGCCTAGCTTTGATGCAGCGATGATTGCTTGCTGCGCCATTCATGGACATATTTGTACACGTCGTTCTGTTCTATGATTCTATCGAATAAATAATACTCCCTCAGCTTATAAAATGTTTTAACTTTGATCAAACTTAAACTGCTTCAAATTTAACTACTCCATCCGTTTTACAATGTAAGTCATTCTATTATTTCCTATATTCATATTGATGCTAATGAATCTAGACATATATACCTATCTAGATTCATTAGTATCAATATGAATGTGAGAAATGCTAGAATGACTTACATTGTGAAACGGAAAAAATAGTTTATAGACAAATATAGAAATATTTATAAACTTGGTCAAACTTGAAGCAGTTTGATTTTGATTAAATTCAGAATATTTTATAACTTAAAACGGATGGAGTAATAACTGCAGTGAATTTTAAATTTTTGTTCGAAATTGTTAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA 2 0 3' arm Oryza_sativa mirnest MIR1122 1e-57 osa-MIR809d 9e-49 -79.7 ..........((((((((((((((((((((((((((.((((((.((((((((((((((((((((((((((((((............)))))))))))))))))))))))))))))).)))))).))))))))))))))))))))))))))......... (-79.7)