mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure AATGACTTACCTTGTGAAATG TTTCACACATGTAAGTCATTCT ACTGAATGAAGTACTCCCTCCGTTTCACACATGTAAGTCATTCTAGCATTTCCCACATTCATATTGATGCTAATGAATCTAGATAGATATAGAATGACTTACCTTGTGAAATGGAGGAAGTAAGAAAAGATG AATATATCAACGACGAAAGCACCAACTGCGCAGAATCGATGTGGGTCTACCTCAACAGCCCCTGGAAGCTATCCAGCTGGCCTGTTTTCAAACGAGTGCGCCAGTGCTTGACTGCAACGGTAACCATAGCACCCTTAGTACTAACCCAACTGCTAATGGAACGGCACCCGAGGGGCTAAAGGAATATCAGAGATGTACTCACTTGTGACGACCTTAATTGTATCTGGACTCCCGGTGTTATTGTTCTACTGAATGAAGTACTCCCTCCGTTTCACACATGTAAGTCATTCTAGCATTTCCCACATTCATATTGATGCTAATGAATCTAGATAGATATAGAATGACTTACCTTGTGAAATGGAGGAAGTAAGAAAAGATGCACTATCACACAGAATGGACATGTTACAGTTGTGGTAATAAGTTGCGTTTCAGCATATATATACATTAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA 2 1 3' arm Oryza_sativa mirnest MIR1122 2e-31 osa-MIR809d 1e-28 -41.4 ...........((((.(((((((((((((...((((((((((((((((((...............))))))).((.((((....)))).)))))))))))))..))))))))))))).)))).......... (-41.4)