mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure AATGACTTACCTTGTGAAATG GTTCACCAAGTAAGTCATTCT ACTGAATGAAGTACTCCCTCCGGTTCACCAAGTAAGTCATTCTAGCATTTCCCACAGTTCATATTGATGCTAATGAATCTAGATAGATATAGAATGACTTACCTTGTGAAATGGAGGAAGTAAGAAAGATGC ACCCAGAATCAAACGACGAAGAGCACCAACTGCGCAGAATCGATGTGGGTCTACCTCAACGCCCATGGAAGCTATCCAGCTGGCCTGTTTTCAAACGAGTGCGCACGTGCTTGACTGCAACGGTAACCATAGCACCCTTAGTACTAACCACAACTGCTAATGGAAGCGGCACCCGAGGGGCTAAAGGAATATCAGAGATGTACTCACTTGTGACGACCTTAATTGTATCTGGACTCCCGGTGTTATTGTTCTACTGAATGAAGTACTCCCTCCGGTTCACCAAGTAAGTCATTCTAGCATTTCCCACAGTTCATATTGATGCTAATGAATCTAGATAGATATAGAATGACTTACCTTGTGAAATGGAGGAAGTAAGAAAGATGCACTATCACACAGAATGGACATGTTACCGTTGTGGTAATAAGTTGCGTTTCAGCATATATATACATTAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA 4 0 3' arm Oryza_sativa mirnest MIR1122 2e-24 osa-MIR809d 2e-21 -37.3 ...........((((.((((((.(((((...((((((((((((((((((................))))))).((.((((....)))).)))))))))))))...))))).)))))).)))).......... (-37.3)