mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TTACATTGTGAAACGGAGGAA CATCCGTTTCACAATGTAACT ATACTCCATCCGTTTCACAATGTAACTCATTCAAACATTTCCTACATTTATATTGATGTTAATGAATCTAGATAGATATATATATGTCTAGATTCATTAACACCAATATAAATGTGGGAAATGCTTGAATGACTTACATTGTGAAACGGAGGAAGTA CCCATTTCTGCAGCCCAAAGATGGTTGGTTCCAGGTAGCCAAGGCTGAGGACAGAATCACGATATTTGCAGATCTGATCATGCGGAGAACTTATCTACAATGTGTTTTGAAGAGCTATTACAACTTAGCACGCCGTTGCTCTCGTCATGATGGAGCTGTGCATCATAAAAACTCCTGCAAGTAGTTCCCTTTTGTATTGGCTTATACTTTGAGGTTAACATTGATGCAAGAACGGTGTTATAAACCCTGGAGGGCTTTTTCACCACCGTAATGCTCGATCAGTGATCACGACAATGTTCTATATAATTCCTGCCAACTCAGGCTGACCTGTATACAATGGATTGCTCTTAGATTGCATCATCTATTCATGAGTGGCTATGAAATACTCCATCCGTTTCACAATGTAACTCATTCAAACATTTCCTACATTTATATTGATGTTAATGAATCTAGATAGATATATATATGTCTAGATTCATTAACACCAATATAAATGTGGGAAATGCTTGAATGACTTACATTGTGAAACGGAGGAAGTAATGAGTTGTGTTAAAAAAAAAAAAAAAAAA 1 1 3' arm Oryza_sativa mirnest MIR1122 1e-48 osa-MIR809d 3e-48 -86 .((((((.(((((((((((((((((.((((((((.((((((((((((((((((((.((((((((((((((((((..........)))))))))))))))))).)))))))))))))))))))).)))))))).))))))))))))))))))).)))) (-86)