mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TTACATTGTGAAACGGAGGAA TCTCCGTTTCACAATATAAGT AACCTGTACTCTCTCCGTTTCACAATATAAGTCATTTTAGTATTTCTTACATTTATATTGATGTTAATGAATCTAAACATATATTCATTAACATCAATATGAATATGAAAAATGCTAGTATGACTTACATTGTGAAACGGATCACAATATAAGTCATTTTAGTATTTCCCATATTTATATTGATGTTAATGAATCTAAACATATATTCATTAACATCAATATGAATGTGAAAAATGCTAGAATGACTTACATTGTGAAACGGAGGAAGTAACTGA GAAGTCTGATACTGAAACTGTCTTGGATGAGAAACTNAAATGAAGGCATATGGCGGTGGCAAATACACAAATGTACCTGGGTTCCATAGCTTGGAAGAACCCTGGGGAAAATATTCTGATGCTTGGAGAGTTGGAAGTGAGCAAGAACCCTGGGGAAAATATTCTACTGAGGTGTAACCTGTACTCTCTCCGTTTCACAATATAAGTCATTTTAGTATTTCTTACATTTATATTGATGTTAATGAATCTAAACATATATTCATTAACATCAATATGAATATGAAAAATGCTAGTATGACTTACATTGTGAAACGGATCACAATATAAGTCATTTTAGTATTTCCCATATTTATATTGATGTTAATGAATCTAAACATATATTCATTAACATCAATATGAATGTGAAAAATGCTAGAATGACTTACATTGTGAAACGGAGGAAGTAACTGATTAGCGTCGGGAGCATAGCAAATTGGTCGAGTGAGTGAGTAATAAGGGTGTCTGTGTGTTTGAGATGTGTAATAAAGGATCGATCTTGTTGACGCTCGACTTGAGGAGCGAATGCAAATCATCAGATCATACTGGTGTACTATTTAAAAAAN 2 0 3' arm Oryza_sativa mirnest MIR1122 1e-43 osa-MIR809d 5e-30 -129.2 ......((((.(((((((((((((((.((((((((((((((((((.((((((((((((((((((((((((((.((....((.(((((((((((((((((((((((((..(((((((((.((((((((.(((((((......))))))).)))))))).)))))))))..))))))))))))))))))))))))).))....)).)))))))))))))))))))))))))).)))))))))))))))))).))))))))))))))).))))..... (-129.2)