mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure ATGACTTACATTGTGAAACGG GTTTCACAATATAAGTCATTC AACTACTTCATCCGTTTCACAATATAAGTCATTCTAGCATTTTCCATATTCGTATTAATCTTAACGAATCTAAATAGATATATGTCTAGATTCATTAACATCAATATAAATATAGAAAATGATAGAATGACTTACATTGTGAAACGGAGGAGGGAGT AGGCTAATATGATACTGATAGTACTATTACGAAAGGAACACATTTTAATTGCCCTTATTGTTGCCTTAATTGGCTTGTCAACGTGCAAAAAAACATGCACTTGACCGGCCACTATAGGTAGCTAACTACTTCATCCGTTTCACAATATAAGTCATTCTAGCATTTTCCATATTCGTATTAATCTTAACGAATCTAAATAGATATATGTCTAGATTCATTAACATCAATATAAATATAGAAAATGATAGAATGACTTACATTGTGAAACGGAGGAGGGAGTACCCCCTTGCAAATTCTCAACGATTAAAAGAAGCAAATCTTGAAGCGAGCAATATAATCTAATTGTACAAAACATCCTGAGACGATCGATTGATGGAGGAGCTCGAGGTCGTGGCGTTCAGATTGATGGCGTCGATGATCCTCAAGATCTGGTCGAGCGCGCTCTTGTCCTTGAGGATGCCGGAGTGCGACACCTCGGGCAGCTCGACCACCTCCACCACCTGCTCCGGCGAGTCGGACCACGCCTTGATCGGCCCGACGAGGCTGTCGAGGTTGACCGTCCCGTCGCCGTCGCCGTACACCACCTTCTCCGGCCCGGCCTCGAACCCGCCCTCCCCGTACACGAGGCTCTCCACGGTGTCGACGCCCGTGCCGACGAGGCACGTCACCGGTACCCCGGGCTCCGGCAGCACCTCGACGAGCGGCCGTATCCGCTCC 1 0 3' arm Oryza_sativa mirnest MIR1122 1e-44 osa-MIR808 5e-38 -65.5 .(((.((((.(((((((((((((.((((((((((((.(((((((.(((((.(((((.((.((((.(((((((.(((......))).))))))).)))).)).))))).))))).))))))).)))))))))))).))))))))))))).)))).))) (-65.5)