mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure ATATAAGTCATTCTAGCATAT ATGCTAAAATGACTTACATTG CCTTGCTACTTCCTCCGTTTCACAATATAAGTCATTCTAGCATATCCCACATTCATATTGATGTTAATGAATCTAAACATCAATATGAATGTGGAAAATGCTAAAATGACTTACATTGTGAAACGGAGGGAGTAGCAAT TTTTTTTTCCTTTTAAGGGTTTTTTGGCAAAAAAGCAACTACTAGTATTACCCTTAAAATGTACTACTATCAAAATAATTCCTTGCTACTTCCTCCGTTTCACAATATAAGTCATTCTAGCATATCCCACATTCATATTGATGTTAATGAATCTAAACATCAATATGAATGTGGAAAATGCTAAAATGACTTACATTGTGAAACGGAGGGAGTAGCAATTATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATGAATTGAGGATGACAACAATGGGGAGTGCATAACGAATACTATCTAGCATTTGAAGCCGTGGCAAACGGAGAGGATTATGATGAGGATGAGCGCGATGATGATACCGAGGACGATGAGTTTGATCTTCATGTTCTGGGACCACATCTTGCGCCGCACTCGCGTCCCTTGGTGCCTGAAATCAACAGCCTGGTCATGGAGTTGCTCTGTCCTGCTGACAAGTACGTCGATCTGCTGTCCGCGATCAATGGCCTTGTCAATGTTTTCCATCATGATGCCTTTAACTTCAGAGACCTGAGCTTTCACTTTGGCTAGCTTGCTCACCTCCTCAGGGGGATCCATGCAGTACTTCATCTGCTCTCCAAGCCTTGGGCTATCAAGCCAACACACTATGTATTGAACATGCATATATACAGGAATTTATAATGATCGGTGTTTTATAGACCTAAAGTACTGCATGGATCTATCTGAATCCTTAAAATT 4 0 5' arm Oryza_sativa mirnest MIR1122 1e-69 osa-MIR809b 2e-34 -81 ..((((((((((((((((((((((((.(((((((((.((((((...(((((((((((((((((((..........)))))))))))))))))))...)))))).))))))))).)))))))))))))))))))))))). (-81)