mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TTACATTGTGAAACGGGGGGA CCTCCGTTTCACAATGTAAGT CAGTTGTACTTCCTCCGTTTCACAATGTAAGTCATCATAGCATTTCCCATATTTATAATGATGTTAATGAATCTATATAGATATATATGTCTAGATTTATTAACGTCAATATGAATATAGGAAATGCTAGAATGACTTACATTGTGAAACGGGGGGAGTATATAT TACACGTAGCACAGTCTTCCCAAGGGATGAAGTCACTGGCTTGTGATGCTGATTATAAGCGCATATTGGCAAATGGCATTGACTAGGCTCGTTTGTAATTTACAGTAGTACATACAGCTAGTTTTTTTTTTCCTTTTGGCCGCCTTCAGTTGTACTTCCTCCGTTTCACAATGTAAGTCATCATAGCATTTCCCATATTTATAATGATGTTAATGAATCTATATAGATATATATGTCTAGATTTATTAACGTCAATATGAATATAGGAAATGCTAGAATGACTTACATTGTGAAACGGGGGGAGTATATATGGTTGAAATCTGCACCAGGAGAAATTGCAGATGATGGTGCAACTCAGCTTATAGTCGGCTTGATCATTATTCATGTAATTATTTAGCCATGTGTGACAGAAAATGCGAGTGATACGAGATCCTAGAGCAATTCATGCAGCTCTGGTTAGGTGAGTTTGTGATGGTGCAATCAACAGCATATCCAATCACATTAAGATTTAT 0 0 3' arm Oryza_sativa mirnest MIR1122 1e-51 osa-MIR446 2e-56 -88.2 ....(((((((((((((((((((((((((((((((..((((((((((.(((((((((.(((((((((((((((((.(((........))).))))))))))))))))).))))))))).))))))))))..)))))))))))))))))))))))))))))))... (-88.2)