mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TGAATGTGAGAAATGCTAGAA CTAACATTTCCCACATTCATA ATTAGATACATCCTCCGTTCATAATGTAAGTCATTCTAACATTTCCCACATTCATACTTATGTTAATGAATCTAGACAGATATATATGTCATTAGCATCAATATGAATGTGAGAAATGCTAGAATGACTTACATTGTGAAACGGAGGGAGTGTTGT CGCTTCAAGCACCGCGCGTTCCTCCCGTTCGTGCAGCGGATCGCCAACCTGTGCATGTCCGCCACCCTCCTATACCATGGCAAGAAGAATGGCTTCAGCAATAGCCTGGGGCTAAAGGATATGTTCGAGAGCCATTTTGTTAACCCAATCCCGCTTAATCATATAGATTACGATTAAAGACATATAGGCTTTGTGGGGAAGTGCCATTTTCATATATTACTTATAAAAAATATTACTACCTGGTATATGATTAATTAGATACATCCTCCGTTCATAATGTAAGTCATTCTAACATTTCCCACATTCATACTTATGTTAATGAATCTAGACAGATATATATGTCATTAGCATCAATATGAATGTGAGAAATGCTAGAATGACTTACATTGTGAAACGGAGGGAGTGTTGTACTTCATAGTACAATGAATCTAGATAGATAGGAAATGTCTAATTTTGCAATAGGTAGCAACATTTTGAAATCAATGAATCCAGATAGAATGCAGACTCCTTATCCAGGCCCGTATGGAAATGTTGCAATAGCACATAAACAGGGTTTGTCCGGACTGTACT 2 0 3' arm Oryza_sativa mirnest MIR1122 9e-46 osa-MIR809d 3e-39 -69.4 ....(((((.((((((((((((((((((((((((((((.((((((.((((((((((...((((((((((...................))))))))))...)))))))))).)))))).))))))))))))))))))).))))))))).))))).. (-69.4)