mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure ATGTAAGTCATTCTATCATTT ATGCTAGAATGACTTACATTG ACTCCCTCCTCCGTTTCACAATGTAAGTCATTCTATCATTTTCTATATTTATATTGATGTTAATGAATCTAGACATATATCTATTTAGATTCGTTAACAATTAATATGAATGTGGAAAATGCTAGAATGACTTACATTGTGAAACAGATAAAGTAG AGATCTTGAGGATCATCGACGCCATCAATCTGAACGCCACGACCTCAAGCTCCTCCATCAATCGATCGTCTCAGGATGTTTTGTACAAATTAGATTATATTGCTCGCTTCAAGATTTGCTTCTTTTAATCATTGAGAATTTGCAAGGGGGTACTCCCTCCTCCGTTTCACAATGTAAGTCATTCTATCATTTTCTATATTTATATTGATGTTAATGAATCTAGACATATATCTATTTAGATTCGTTAACAATTAATATGAATGTGGAAAATGCTAGAATGACTTACATTGTGAAACAGATAAAGTAGTTAGCTACCTATAGTGGCCAGGTCAAGTGCAATGTTTTTTGCACGTTAACAAAGCCAAATTAAGGCAAACAAATAAGAGCAAATTAAAATGTGTTCCTTTCGTAATAGTACTATCAGTATCATATTAGCCTATG 1 0 5' arm Oryza_sativa mirnest MIR1122 1e-41 osa-MIR808 2e-40 -69.6 .........((.(((((((((((((((((((((((.(((((((((((((((((((((((((((((((((((((..........))))))))))))))).)))))))))))))))))))))).))))))))))))))))))))))).))........ (-69.6)