mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure ATGACTTACATTGTGAAACGG GTTTCACAATGTAAGTCATTC GTACTTCCTCTGTTTCACAATGTAAGTCATTCTAGTATTTCCAACATTTATATTAATGTTAATGAATCTAGATAGATATATATATGTCTAGATTTATTAACATTAATATAAATGTGGAAAATGATAGAATGACTTACATTGTGAAACGGGGGAGAAC AAATTNAAAAAAAGGTTGGGGGGGCCCCTTTTNAAAATCATAGACTAATTAGGCATAATAGATTTCGTCCTCGCCAAGTAGCCTCTATCTGTGTAATTAGTTTTGTAAGTAGTCTGTGTTTAATACTTCAAATTAATGTTTAAATATCTAATGTGACAGTGACGAGCTAAAGTTTAATCACTAGATCCAAACAAGCCCTTAACTGGCAGAAAATTTTTTTTTACCTCAAATCTCTTGAACAATCCACCAGTCAATCAAGCAATATATATGCATTTTTATTTTCTTTTTGCATATATAGTTTGCATATATGTTAATGGTTTAGTGTGGCGATGAAGTTTGTGAGTGTGTTACTCCACCAACTAAGGTTTAAATAATGATCCCTGATGTATATATAAAATATGGTTCTGTACATGTGTCCTTTTAATTATTGATATGTACTTCCTCTGTTTCACAATGTAAGTCATTCTAGTATTTCCAACATTTATATTAATGTTAATGAATCTAGATAGATATATATATGTCTAGATTTATTAACATTAATATAAATGTGGAAAATGATAGAATGACTTACATTGTGAAACGGGGGAGAACGTGTTATCCTTCCAAGTTATCCTTCCAATACTACTTGTCCTTGCTC 0 0 3' arm Oryza_sativa mirnest MIR1122 2e-49 osa-MIR808 8e-43 -82.3 ....((((((((((((((((((((((((((((((.((((((((.((((((((((((((((((((((((((((((..........))))))))))))))))))))))))))))))))).))))).))))))))))))))))))))))))))))))... (-82.3)