mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure ATGACTTACATTGTGAAACAG GTTTCAGAATATAAGTCATTT TGTCCTTCCTCCGTTTCAGAATATAAGTCATTTTAGTATTTTCCACATATATATTGATGTTAATAAATCTAGATAGATATATATATGTCTAGATTCATTAACATCAATATAAATATGAGAAATATTAAAATGACTTACATTGTGAAACAGAGGGAGTAC GCCGGCGACCAGGGCCCCAACGCGCGCCTCATGGAGGCGAGGAAGGTGGGGCTGCAGGTGGCGAGGGATGGCGCAGACGGCTCCTTCGACCGCCACGGCGTCGCCGCCGCGGTCCGGGCCGCCATTGTAGACGAAGAAACAAGGAAGGTGTTCGTCGCCAACGCCCTCAAGCTGCGAGAGGTGGTCGCCGACGAGGAGCTCCATGAGAGGTACATCGACGAGTTCATACACCAGCTTAGGTTAAGCTCTCCTACGTACCTCGCCAGCTCATGAATGAACCCCGTCTTGGGCCCATGGATTGTAATCCCTACAAATAATAATGTCCTTCCTCCGTTTCAGAATATAAGTCATTTTAGTATTTTCCACATATATATTGATGTTAATAAATCTAGATAGATATATATATGTCTAGATTCATTAACATCAATATAAATATGAGAAATATTAAAATGACTTACATTGTGAAACAGAGGGAGTACGTACGTACGTGTGTATGTGTGTCTGTCTGTCATTTTGGATCATGCCATTGCAAATTTATTGTATTAAAAAAATACATGCATGTACGTACGTACGTGTGTCTGTCGGTCATTTTGGATCATGCCATTGCAAATTTTACTGTATTAAAAAAATACCACTATTATTTTGATTAAAAAAAAAAG 3 0 3' arm Oryza_sativa mirnest MIR1122 9e-43 osa-MIR808 5e-41 -66.8 .((.(((((((.((((((.(((.(((((((((((((((((((.((.((.(((((((((((((((.((((((((((..........)))))))))).))))))))))))))).)).)).))))))))))))))))))).))).)))))).))))))).)) (-66.8)