mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure ATGACTTACATTGTGAAACGG GTTTCACAATGTAAGTCATTC TACTCCCTCCTCCGTTTCACAATGTAAGTCATTCTATCATTTTCTATATTTATATTGATGTTAATGAATCTAGACATATATCTATTTAGATTCGTTAACATTAATATGAATGTGGAAAATGCTAGAATGACTTACATTGTGAAACGGATAAAGTAGT TGAGGATCATCGACGCCATCAATCTGAACGCCACGACCTCAAGCTCCTCCATCAATCGATCGTCTCAGGATGTTTTGTACAATTAGATTATATTGCTCGCTTCAAGATTTGCTTCTTTTAATCGTTGAGAATTTGCAAGGGGGTACTCCCTCCTCCGTTTCACAATGTAAGTCATTCTATCATTTTCTATATTTATATTGATGTTAATGAATCTAGACATATATCTATTTAGATTCGTTAACATTAATATGAATGTGGAAAATGCTAGAATGACTTACATTGTGAAACGGATAAAGTAGTTAGCTACCTATAGTGGCCGGTCAAGTGCATGTTTTTTGCACGTTAACAAGCCAATTAAGGCAACAATAAGAGCAATTAAAATGTGTTCCTTTCGTAATAGTACTATCAGTATCATATTAGCCTATGAAATTCGAGGTCATTCCTTTCAGATGTTTCTTGTTCAATGGCAGGTTTGCGTTGCCATACAGTATTATCATCCATTAATGCAATTGAATTTATCCACAAAAAAAAATAAAAAAAAAGGG 0 0 3' arm Oryza_sativa mirnest MIR1122 4e-48 osa-MIR808 2e-46 -79.2 ..........((((((((((((((((((((((((((.(((((((((((((((((((((((((((((((((((((..........))))))))))))))))))))))))))))))))))))).))))))))))))))))))))))))))......... (-79.2)