mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TGTCGAACTGCGGTAGTTCGA GAACAACCGTGGTTCGACAAG GCACCCTATCGAACAACCGTGGTTCGACAAGGTACCTATCGAACAACCACAGTTCGATAGGGTACCTGTCGAACTGCGGTAGTTCGACAGGTGA CATGTCAAACCCCAAGGCCATCCCCCAGCTGTGCAAGTCACTGACTTTACGGTATTGGAGTTCGAGTAGAAGATCAGCTGCTCCGTCATCGACGATGGCCTGATCCACAGATGAATTTTGGTGCTGATACTTCCAGGGAGTTGGGTGCTCGAAGTTCAGAAAAAGCTGCTAGGTGGATCAGGACAATGGAATCTGCCTTAAAGCCCCCAAGAAAGGATGAACTTGTTAGCTGTTCACATACAAGATGGCAAGCTTTTAGGCTAAGCCGCTGCAGTAACCGCATGCACTCAATAGGTTGGACTGTATTTTCTTCTGTCCATAACGATCCTATGGCATCTGATGTTATTGCACCTTCTCCATGGACAATATTTGACTGTAAAAATGGATTCCGTTTGTTTACTGAGGCAAAACTATAGGTCAGTTAGGCGAAATCGCAAGTTTAGCACCCTATCGAACAACCGTGGTTCGACAAGGTACCTATCGAACAACCACAGTTCGATAGGGTACCTGTCGAACTGCGGTAGTTCGACAGGTGATTAAAA 1 0 3' arm Oryza_sativa mirnest MIR439 8e-42 osa-MIR439i 5e-21 -53.3 .((((.(.((((((.((((((((((((((.((((((((((((((.......)))))))).)))))))))))))))))))).)))))).))))). (-53.3)