mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure ATGACTTACATTGTGAAACGG GTTTCAAAATGTAAGTCATTC ATCCTCGGTTTGCATTACTCCCTCCGTTTCAAAATGTAAGTCATTCAGTATTTTCCACATTCATATTGATGTTAATAAATCTAGACAAATATATATATATATATATATAGATTCATTAATATCCATATAAATATAGGAAATAATAGAATGACTTACATTGTGAAACGGAGAAAGTACAAATTAGGGTGTT CGACAAACGGTCCACCTAGCATAAAGCAGAACGGGAATTTATTTGGAAATGGAGCAGTACCGTATAGGCATATATATTTTTTCATCCTCGGTTTGCATTACTCCCTCCGTTTCAAAATGTAAGTCATTCAGTATTTTCCACATTCATATTGATGTTAATAAATCTAGACAAATATATATATATATATATATAGATTCATTAATATCCATATAAATATAGGAAATAATAGAATGACTTACATTGTGAAACGGAGAAAGTACAAATTAGGGTGTTATCAAGAGATACAACACGCGTTGGGATCTTCCTCGCCCAAAAACATAAAGTGGGGCGGGGTGTATTTCGCAGTCACAAACTCGTACAGTTCCGGCCTGGCAGCTGGTTTTGGTTTTTCTGGTTTTTTAAATTCGATGCGATGAACTTTTACAGCTTCATTGATGAGGTCTGCGAAGGTCATGCGAGGCTTCGTTGTCTGGTCGCAGATACCAGCGGCGATGTTGTTGAACCGAGCAGTCAAATCTGCATCCTTGCTGACAATTCTGTTAAACACGGTTGCACAGAGGGACGCCAATGCTTCCTGCAATTTCCAGTCATCATCTTGGGTACCTTCAAGGCCTGAAACTGCCACTCGCAGTATCTCTTCTCCTGTCAACCCCCAACCAAGTGCTTCTCTTAGCACCTTGGGTATCAAATCAATGATGGCCTCCTTCAGATTCTGAAGATGTTCCTCGTCAGTGGAGTAGGGACTACACAGATGATTGAGGATCTTTGCTGCAATTTTTCTGTGCATGCTGCTATATACGCTTGAACGAGTATCAGCAATACAATCAACAATATC 1 0 3' arm Oryza_sativa mirnest MIR1122 2e-22 osa-MIR809d 3e-21 -62.9 ..(((.((((((...((((..((((((((((.((((((((((((((.((..(((((..(((.((((.(((((((((.((((((.....(((((((....))))))).)))))).))))))))).)))).)))...)))))..)).)))))))))))))).))))))))))..)))))))))).))).... (-62.9)