mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TCGCTTGGTGCAGGTCGGGAA CCCGCCTTGCATCAACTGAAT GATTCAGTTACCGGCGGTCTCTAATTCGCTTGGTGCAGGTCGGGAACCGATTGGCTAGTTTTTTTTTTGAAATTTTTTGACAGCGAGGTGGCGTGTTGTAATTGGTCGTAACGTTTAAATTAATGATTGAAAAAATGCGAATTGGATCCCGCCTTGCATCAACTGAATCGGAGACCGAGGTGAGAGATTG CCACGCGTCCGAAAAAGAAAGAAAGTAAACCCATTTTTCTGTGCTACGTAGTGTGTTAACAATATATTGGCGAAGTGATGGTTTACGTGAAGGAGCTGATGAATGATGATTCAGTTACCGGCGGTCTCTAATTCGCTTGGTGCAGGTCGGGAACCGATTGGCTAGTTTTTTTTTTGAAATTTTTTGACAGCGAGGTGGCGTGTTGTAATTGGTCGTAACGTTTAAATTAATGATTGAAAAAATGCGAATTGGATCCCGCCTTGCATCAACTGAATCGGAGACCGAGGTGAGAGATTGGATGGATATTTACCTTTCGCCGTTCAGATCTCAGGTCTTTTTTTTTGGGAAAAAATAATTGATTTAATTAAATTACTTATGAATTTATGATTTTGCTTTTGCTTTTGCTCTATCTGATTCGTTGATCTAATTATAGATCTCACTGCAGTGTATGTTACATTTAATGCAAAAATATTTATTCGATTTTTAAGTGAGCTTTTTTCATTTTAATTTTGTTCAAATTCGATGTAAAGAATTATGAGCTTCTAGTAACAGCTAATTAGCTGCCAATAGATGTAGTGAAATCGTGGGGTATCTTTGGATATAATATGTAAGTGTATTTGGGAATATTTATAATGTTGAAGAGCATAATAATTTTCTTTTCAATTCTGTTATGTCGATTATTTTTTTTTTTGTTTTAATTTGGTCCCCTAAAAATCTTTTCCATTTAATTTCCCCCTGGGAGAAAAAAATTGGGAAATGCCCGGCCAAAAAAATTTTTTCTTTTAACCGGCAAAAAATTTTTTTTGAATTTTTTTTTTCGGGCAGGAAAAGCTTCCAGAGGGATAGAAAAAAAAAAAATTGGTTTTTACAACCCTATATATCAATATTCTTCTTTAACACATCCCTCTTTGGACAAAACGAAAAACTATCTTTTTTTTTGTGTGGTTTTCCCCTTATGT 3 0 5' arm Citrus_x_limonia mirnest MIR168 1e-17 crt-MIR168 1e-54 -66.5 .......(((((..((((((((.(((((.((((((((((.(((((.((((((.((...((((((..(((.(((((...(((.(((((((.((.....)).)))..))))...))).)))))..)))..))))))..)).)))))).))))).)))))))))).))))).)))))))).)))))....... (-66.5)