mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TTACATTGTGAAACGGAGGAA CCTCTGTTTCACAATGTAAGA GTATAATTATTTTGTACTTCCTCTGTTTCACAATGTAAGACTTCCTAGCATTGCCCACATTCATTTAGATGGTAATGAATCTAGATATATGTATGTGTTTAGATCCATTAACATCTATATTTATGTGGACAATGCCAGAAAGTCTTACATTGTGAAACGGAGGAAGTATGAACAAATATGT GCAAGTTTTATCAGCATCCATGGAGCTGATGTGGACCCAGATGGCTACGCTGAAGCTGCAGGAAATCTTAAGGCGCAAGTAAAGCTAACACGAAGACTGGAAGGAAGCAAGATCTACGGCAACAACAAGTTTGTCTAGGCTAGTCTACACTCGAGCTTTTGCCTGTGGAGTTCTTCGGAGTTTATTGGTTGTAGTTTAATAATTTAGAGGTTTGGATTTTTCTTGTATTTTCAAATAAGGATATTTTCGTTTGGATCTTTTCACCCTTTAACAGTTGTATAATTATTTTGTACTTCCTCTGTTTCACAATGTAAGACTTCCTAGCATTGCCCACATTCATTTAGATGGTAATGAATCTAGATATATGTATGTGTTTAGATCCATTAACATCTATATTTATGTGGACAATGCCAGAAAGTCTTACATTGTGAAACGGAGGAAGTATGAACAAATATGTGTAAATAATCGAAAGCTGTTCTGC 0 0 3' arm Oryza_sativa mirnest MIR1122 2e-56 osa-MIR819e 5e-29 -84.1 ..........(((((((((((((((((((((((((((((((((.((.((((((.((((((..((.((((((.(((((.(((((((((((....))))))))))).))))).)))))).))..)))))).)))))).)).)))))))))))))))))))))))))))))))))......... (-84.1)