mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TTACATTGTGAAACGGGGGAA CCTCCGTTTCACAATGTAAAT GTATACTACTCCCTCCGTTTCACAATGTAAATCATTTTAGCATTTTCCACATTAATATTGATATTAATTAATCTAGATAGATATAAAATCAATATGAACGTGAAAAATACATCTATCTAGATTCATTAATTAACATCAATATAAATATGAGAAATGCTAGAATGACTTACATTGTGAAACGGGGGAAGTACAATG CCCTTGGGCTCATCTTNTGGGTGGCATGGTATTCTANTAGTGCGGTCTCTGAAGCTAATTTGGTCTTTTACTGTGTGTGAAGTTCTTCGTATGATCATTTACTGCTTTATTATATGTGCGGTAAACTACAAGTATACTACTCCCTCCGTTTCACAATGTAAATCATTTTAGCATTTTCCACATTAATATTGATATTAATTAATCTAGATAGATATAAAATCAATATGAACGTGAAAAATACATCTATCTAGATTCATTAATTAACATCAATATAAATATGAGAAATGCTAGAATGACTTACATTGTGAAACGGGGGAAGTACAATGCTATAATAAGTAGCAAGGCATAGCATTGCATCACATTTATGATGTAGAGGCTGGGATTTTTATTCTCTTTTTTTTAAAAAAAAATGTGTGTGAAGATATGCTCTTCTATCAATTAAACCATTTGGATTCT 1 0 3' arm Oryza_sativa mirnest MIR1122 4e-24 osa-MIR808 3e-24 -78.3 ......((((.(((((((((((((((((((.(((((((((((((((.((.(((.((((((((.(((((((((((((((((((.((...(((.........)))....)).)))))))))))....)))))))).)))))))).))).)).))))))))))))))).))))))))))))))))))).))))..... (-78.3)