mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TAACATCAATATAAATGTGGG CACATTCATATGGATGTTAAT GAAGTGGAGATGAGGTATGTATTATACTCCCTCCGTTTCACGATATAAGTCATTCTATGTATTTCCCACATTCATATGGATGTTAATGAGACTACATGTATTTAAGTTTCATTAACATCAATATAAATGTGGGAAATACTAGGATGACTTACATTGTGAAACGGAGGAAGTAGAAGATTTATAACTTGTTGAGAAA GGAGGAGATTTTCGGCAGCGCCGTCGACTCGCTCAGAGCTCACGGGTACCTTGTGGACAGCGTACCATGACAATTGGCGACAAATTTATCAGAATTCAGAGATTGGGTATGCCCCGACGAAGATGAAGCTGTAGCTAGAATCATCAGTTGCACACAGGGAAAATGTGTCTCTGTGTCAGAGAGGGTTGTGCGGTAGTGAAGAAGTGGAGATGAGGTATGTATTATACTCCCTCCGTTTCACGATATAAGTCATTCTATGTATTTCCCACATTCATATGGATGTTAATGAGACTACATGTATTTAAGTTTCATTAACATCAATATAAATGTGGGAAATACTAGGATGACTTACATTGTGAAACGGAGGAAGTAGAAGATTTATAACTTGTTGAGAAAACGTTAAAC 2 0 3' arm Oryza_sativa mirnest MIR1122 4e-67 osa-MIR809d 1e-26 -88.5 ........((((((.((((.(((.((((.(((((((((((((((.((((((((((((.((((((((((((((.((((.(((((((((((((((...........))))))))))))))).)))).)))))))))))))))))))))))))).))))))))))))))).))))...))).)))).))))))...... (-88.5)