mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure ATGTAAGTCATTCTAGTATTT ATGCTAGAATGACTTACATTG GCTATGTACTCCCTCCGTTTAACAATGTAAGTCATTCTAGTATTTCTCACATTCATATCTATCTAGATTCATTAACATCAATATATACGTGAAAAATGCTAGAATGACTTACATTGTGAAACGGAGGAAGTAAAAAA ATTTATTTTTTAAGTTTAAAATAATTAATATTTATCTAATCATACACTAATGACTCACCTCACCTTGTTTTATGTATATTATCAATCTTCTTCTTCCTTCTTCTATCAAACACTCGGACGACATACGTAGAAGTGTGGAAAAAAGAGATTAGTAGCTTTAATTACTCGTGTTAAGATAATGAGATGGATTAGGTTTTGTTTAATGAGACACATGGTCAAAAGAAAATAGCTATGTACTCCCTCCGTTTAACAATGTAAGTCATTCTAGTATTTCTCACATTCATATCTATCTAGATTCATTAACATCAATATATACGTGAAAAATGCTAGAATGACTTACATTGTGAAACGGAGGAAGTAAAAAAGGTTATCGATGGTTATTTGTTTCCATGGGT 0 0 5' arm Oryza_sativa mirnest MIR1122 7e-71 osa-MIR441a 4e-32 -54.345 ......((((.(((((((((.((((((((((((((((((((((((.((((......................................)))).)))))))))))))))))))))))).))))))))).))))..... (-54.345)