mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TTACATTGTGAAACGGAGGAA CCTCCGTTTCATAATAATGAC CTCAGTGTTAAGTGTTACTCCCTCCGTTTCATAATAATGACTTACATTGTGAAACGGAGGAAGTAACGAATAAAGGGAA CTCCGCCTCCTTCGCATGTCCATAGCATTCATCACCCTCTCTCTAATGCTCCATCTTTCATGAATGGTCCGAATGGATTCATGATGGCACACACATTGTGCACAGAGACGAGGCTACCTCTTGATGAGGAACAGATGCGGGAGCTGATGAAGACGATCGATAAAAAGAAGAGCGAGCAGTGATACTAAGGTAGTGGCTCAGTGTTAAGTGTTACTCCCTCCGTTTCATAATAATGACTTACATTGTGAAACGGAGGAAGTAACGAATAAAGGGAAGACAGGTCGGCCGTACATAATCTGCCGCTAGCTTACCGAAGAATTAATTATAAGATGATCAATCAACTCTGCAGTCTAGCTAGTTGGAGAGAAGAGATTATACTACTTTGTATCGTTAGAAATAAACAAAAGAAAACTACAAATTATATCTTTGACATGATATGGTTTGTCTCTGAGGTTCATAGCTACCACTCGTTGTAAAGTGTCATCTAATTTAAGCTAATTTATGTTTAGCTGATACAACAAA 5 0 3' arm Oryza_sativa mirnest MIR1122 0.0000000003 osa-MIR809d 0.0000000002 -29.9 (((....(((..(((((((.(((((((((((((((..........))))))))))))))).)))))))..))).))).. (-29.9)