mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TAGGATTCAATCCTTGCTGCT CAGCAAGAACTGGATCTTAAT GAAGGAAGATTGCTCCACCTGTTGACTGCATTAGGATTCAATCCTTGCTGCTAAATGTATTGCTTATATTCAGCAATATAATGTTCAGCAGCAAGAACTGGATCTTAATATAGTCGATAGTGGAAGAACGGTAACAT GATCACCTAGCTCTCCCTCCTCCCCTCCGCCGCCGCCGCCGCCGCCGCCGCTTCGCCTCCTTCCTATGCTGCCTTCCGCGCGGAGCTCAGCTGCTCGTGGAGGCAGAGCCGTGCCCGTCTCATCCCCTGCCCGTGCAAGCAGCTAGGTAGGACGATTTGAGCGTGGTGTTAGGCCGAACCGCTGAAGGAAGATTGCTCCACCTGTTGACTGCATTAGGATTCAATCCTTGCTGCTAAATGTATTGCTTATATTCAGCAATATAATGTTCAGCAGCAAGAACTGGATCTTAATATAGTCGATAGTGGAAGAACGGTAACATATGTGGTTTGCAGCAGGTGAGCAGGATGGGTGTGGATGATTGAATATCTCTGTTCAGTGTTTTCATCATCTGACTGAACACTGAATCAGCTTGCTGACGTTAGAGGTTTCAGTTTACCTAATTTATGGTCTGTACCCATGAAAAGTGGGAAAAGGCTGAAGAATTCGATTTCTTTCTTTCTTTCAATGTTGAGCACAGCTACACAGGCATCCAACCCAACATCATGTTGTTCAACATGATATTTGTCTGCCTATGCAAGAAGACCAGGGCTTTGGAAGCCTAAAAAGTCTTCGACCAGATAGGATCTTAGGTATGAAACCCGACGCGTTCTCGTGTGCTGCATA 3 0 5' arm Oryza_sativa mirnest 100 osa-MIR1425 5e-53 -48 .............(((((.(((((((((.(((((((((((...(((((((((.(((((((((((.......))))))))...))).)))))))))...))))))))))).))))))))))))))............. (-48)