mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TGCACTGCCTCTTCCCTGGCT ACAGGGATGAGGCAGAGCATG GAGAGGAGAGGAGACAGGGATGAGGCAGAGCATGGGATGGGGCTATCAACAGATGTAGATTATTCCTTGCACAAGAGATGATGATGAGCTGTGAATGAGTTCTGAGAGATGGCTGGTGTNGTTGTCGCTCCCTCCCCTGCACTGCCTCTTCCCTGGCTCCCCTGCACA GGACGATGATGGCGTTGGCCTAACCGGATTTGCAGTGCATCAGGTAAGGGAAAAAGGATGGTTAGATAGAGAGAAGGGGAGTTCTGTGATTGGAGAGGAGAGGAGACAGGGATGAGGCAGAGCATGGGATGGGGCTATCAACAGATGTAGATTATTCCTTGCACAAGAGATGATGATGAGCTGTGAATGAGTTCTGAGAGATGGCTGGTGTNGTTGTCGCTCCCTCCCCTGCACTGCCTCTTCCCTGGCTCCCCTGCACACCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTGTGTGTTAGTATATTGTTTTTATGTTTTAGTAATTATTTTCCTTCCATAAGTGATACGGTATCGGTAGCATGTAGGTAGAAAAAAAAATGAAACTACAGTGATGTGACACTTCCAGGGCTGCCGCCA 3 0 3' arm Oryza_sativa mirnest MIR408 7e-87 osa-MIR408 4e-88 -59.4 ...(((...((((.((((((.(((((((.(((.((((.(((((...((((..((....((((((.(((....))).)))))).((.((((((................)))))).)))).))))..))))).)))).))).))))))).)))))).)))))))..... (-59.4)