mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TTGCTTGTAACGTTTGACCCA GTCAAACGTTACATGTAAAA ATGTACTCCCTCCGTCTCATAATATAAGGGATTTTAAGTTTTTGCTTGTAACGTTTGACCCACTCGTCTTATTCAAATTTTTTTGAAATTATTAATTATTTTATTTGTGACTTACTTTATTATCTAAAATACTTTAAGCATAACTTTTCATTTTTTATATTTGCAAAAAAAATTTGAATAAGACTAGTGGTCAAACGTTACATGTAAAAAATCAAAATACCTTATATTGTGGGACAGAGGGAGTAGA AGTCAACCATCATTCCTCGCGATCGTTCATGCGAGAAAGATCCCTCTCTATGGAGCTGGAGAAACATTCGCCTTGTCGAATGCTGGAGGTGCTGTGCCACTGACTCTAGACTTGGTGTGTAAGAGCTAGAGGGTATGTGATTGGTAAGCTTGTGAGGGTGACACACACAAAGCGTGTGAAATGCCCGGTGGTTATCGATTCCGGTAGCTCCAAGCCGATTAGGTTTATCCAGAGTGCTTGTAGTTACACCTGATGCAGTGCCTTGGCCTTCTATAATCTCCATAAGGGCTGTGATCATGTACTCCCTCCGTCTCATAATATAAGGGATTTTAAGTTTTTGCTTGTAACGTTTGACCCACTCGTCTTATTCAAATTTTTTTGAAATTATTAATTATTTTATTTGTGACTTACTTTATTATCTAAAATACTTTAAGCATAACTTTTCATTTTTTATATTTGCAAAAAAAATTTGAATAAGACTAGTGGTCAAACGTTACATGTAAAAAATCAAAATACCTTATATTGTGGGACAGAGGGAGTAGATATTTAGGTCCTTCATGACATGAGCCCACAGAAAATAAGCCGTAGTTTTATCTTCCAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA 2 0 5' arm Oryza_sativa mirnest MIR806 5e-70 osa-MIR818e 4e-18 -90.9 ...(((((((((.((((((((((((((((.(((((...(((((((.((((((((((((((.(((.(((((((((((((((((((..((.(((.((.........(((((.((((...((((......))))...)))))))))..........)).))).))...))))))))))))))))))).))))))))))))))))).)))))))...))))).)))))))))))))))).))))))))).. (-90.9)