mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure GTATTTTGGGACGGAGGGAGT TCCATCCGTCCCAGAATATAA TAGCCAACAAGTTGTTTAACTACTCCATCCGTCCCAGAATATAAGAAGTTTTAAAGTTGGACACGGTTATTAAAAAAATTGGTAGAAGTAAATGGTAGAGGGTTGTGATTAGATGAGTAGTGGAGGTAGGTAGAAAAAGTGAATGGTGGAGAGTTGTGATTGGTTGGGAAGAAAATGTTGATCGAGAAGTTGTTATATTTTGTGACAAATCCTTTAGGCTAATAATTGTTGTATTTTGGGACGGAGGGAGTAAATAATAGCCAACGGTACT TCATATTGGTTTTTGTGTGAGCATCACATCTTCATATTTGAAAAGAGAATTCCATGATCCCATATGACCAGATTGTGCTAATGGTGGAAACTTGTACAGGTTTGGTGTTTGTTGAAATTCATTTGGCAACCCAGCCAAGGATATATTTTTGGAGAGCGCTTTTGCAGTTTTGCTTTACTTTTTTTAAGATAATGAAAATGTATTACATCGCCGCCGGCCTCTGCCATAAAAGGACACATAGCCAACAAGTTGTTTAACTACTCCATCCGTCCCAGAATATAAGAAGTTTTAAAGTTGGACACGGTTATTAAAAAAATTGGTAGAAGTAAATGGTAGAGGGTTGTGATTAGATGAGTAGTGGAGGTAGGTAGAAAAAGTGAATGGTGGAGAGTTGTGATTGGTTGGGAAGAAAATGTTGATCGAGAAGTTGTTATATTTTGTGACAAATCCTTTAGGCTAATAATTGTTGTATTTTGGGACGGAGGGAGTAAATAATAGCCAACGGTACTCTCTCTAAGAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA 1 0 3' arm Oryza_sativa mirnest MIR1122 0.000001 osa-MIR1442 0.00001 -54.4 ..(((.....((((((....((((((.(((((((((((((((((((..(((((..(((....((..(((((((.....)))))))..)).)))..)))))..))..(((((....(((..((((((...((..((((.((((........((....((((...((.....))....)))).)).........)))).))))...))....)))))).)))..))))).))))))))))))))))).))))))...))))))....)))... (-54.4)