mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure AATCCCTTATATTTTGGGACG TCCCTAAATATAAGAGATTTT TTAAATGCTCCCTCCGTCCCTAAATATAAGAGATTTTGGTTGGATGTGACGTATTCTAGTACTGTGAATCTAGATAGGAGCATGTCCAAATTCGTAGTATTAGGATACATCCCATTTACCCAAAATCCCTTATATTTTGGGACGGAGGGAGTAGATG GCACGAGGGGAACATGCATGCATAGTTAATTGATTAATTAGGTTTGTTGATGATATGGTCCAGCTACGAACAATCTAATGAATACTTTGGTTTCGGTCGTCACTACTAGTAGTTAGTAAATGGGATAAAATCGATTTGATCTCCAGGCCAATTGGGTATTTTTGACACCATTCAATTTTCAATATTGTTAGACTAATTTAGGGTGGTTAAATGCTCCCTCCGTCCCTAAATATAAGAGATTTTGGTTGGATGTGACGTATTCTAGTACTGTGAATCTAGATAGGAGCATGTCCAAATTCGTAGTATTAGGATACATCCCATTTACCCAAAATCCCTTATATTTTGGGACGGAGGGAGTAGATGTCTATACAGCAGTCCATTAAAAAAATTATATTTTAAAACTAGTTCATTGGAACCCATATATATACCAGTGACAACTTGTTAATTATCTTTTTCCTCCACCTCTCTTCTCAATCTCTCATCCCTTGCCTTTTCTCTTCTACCTCCTTTGTGAGCTATGGGAGGTCCTAATGACAACAAACTTAGACTGTTCTCAGCTG 2 0 3' arm Oryza_sativa mirnest MIR1122 6e-84 osa-MIR818d 0.000000008 -73.3 .....(((((((((((((((.(((((((((.((((((((.((((((.((.(((((((((((((((((((...((((......))))...))))))))))))))))))).)).)))))).)))))))).))))))))).))))))))))))))).... (-73.3)