mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TATATTTTGGGACGGAGGGAG ACCTCCGTCCCAAAATATAAC ATTAAGTATTACCACCTCCGTCCCAAAATATAACAACTTTTGGCTATGAATTTGGACACACAGTTGTCCAGATTCATAGCTAAAAATGCTTATATTTTGGGACGGAGGGAGTAGCTAATTT TAGAGGCGATATGTTGTACTGGCCACCTGTAAATAATGAGTAGATGACATGGCTCAAATTAGATGTAGCATCCACCTTCACTATAAAACTTGCTCTAAAAAACTTGGGAAGTTCTTGACATATCTAAAAGACTTCATCATATTTTTTTCAATTAGGGTCATATGAACTGCTTAATGTGATGACCCTGGTTCCTAGCTTTAAGAAGGGGTTCAGCGTTTTGCTTTCTCAACACTTAGGCTGTGTTCGCTGGAGCTTGTTCCCAACCGGAACAGTGTGCACGGAAAATGGATCGATCCATTAGCGTGTGATTAATTAAGTATTACCACCTCCGTCCCAAAATATAACAACTTTTGGCTATGAATTTGGACACACAGTTGTCCAGATTCATAGCTAAAAATGCTTATATTTTGGGACGGAGGGAGTAGCTAATTTTTTTTCAAAAATGGATCAATATGATTTTTTAAGGGACTTTTGTATAGAAACTTTTTGCAAAAAACGCACCATTTAGCAGTTTGAAAAGCGTGTATGTGGAAAACGAGGGAGATGAGTTGGGAAACCTAGGGTAAGAACACAACCTTAGTCATGCCTTAAGGGATGGCTGGCACAAAAATG 2 0 3' arm Oryza_sativa mirnest MIR1122 2e-55 osa-MIR1439 0.000000000006 -59.1 ....(((..(((..(((((((((((((((((((((..(((((((((((((((((((((......))))))))))))))))))))).)).)))))))))))))))))))..))))))..... (-59.1)