mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure CTCCGTCCCTAAATATAACAA CTTATATTTTGGGACGGAGGG TGTTTGGCAATTAACTACTACCTCCGTCCCTAAATATAACAACTTTTGGCTATGAATCTGAACGCACAGTTATCCAGATTCATAGCTAAAAATACTTATATTTTGGGACGGAGGGAGTACTAGTAGTAGATTA ACATTGGCGCAACGTGTTACATCGAATGCAGCTCAAAGACACAGCAGAATGTAAAAGCTGTGTTTGATGCTGCCATCAAGGTAGTAATCAAGCCTCCAACAAAGCAGAGGGACAGGAAGAAGAAGAAAACACGGCGCGGATGTTCTTTCTTCTGCAAGGGTGTCATGTCCAGAAGAAGGCTAGTATGCTTCAAGTGAACAAGAGGGGTTCTTTGATGAGCAGAGCAGAGGTCTGTGAGACAAAATGATGTCTTGTGTTTGATAATTGCTTTATCTCAAAAGTTCCAGTTTGATAGTTGCATTTCCAACCTATATATATCCTGTTTGGCAATTAACTACTACCTCCGTCCCTAAATATAACAACTTTTGGCTATGAATCTGAACGCACAGTTATCCAGATTCATAGCTAAAAATACTTATATTTTGGGACGGAGGGAGTACTAGTAGTAGATTACTATCCTGTCCATGTAATGTATTAGGAAGGTTAATAGCACTCCCTACATCTCAGAATGGAAGTTGTTTTGGTTTTATTCCAAGTTTGATAAAAAAAA 4 0 5' arm Oryza_sativa mirnest MIR1122 2e-55 osa-MIR1439 0.000000007 -53.2 ........((((.(((((((((((((((((.((((((((....((((((((((((((((((((.....)))...)))))))))))))))))....)))))))).))))))))))......))))))).)))). (-53.2)