mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TGGGTTTCCGTGTCCAACGTT TGTTGGAGATAGAAACCCACA AGACTACTCCCTCCATCCCATTGTAAGTGTAGTTGTGGGTTTCCGTGTCCAACGTTTGACCGTCCGTCTTATTTGAAACAATTATGAATTTTTTTTAAAAAATAAGTCAGGCATAAAGTACTATTCATGTTTTATCATCTAATAACAATATAAAAATACAAATCATAAAAAAAATTTAAATAAGACGGACGGCTAATTGTTGGAGATAGAAACCCACAATTGCACTTAAAATGGGACCGAGGGCATAATG GAAACCCACCTCGCGTGCTCTGTGCACGGCGGGGACGCTAAGGGGAGGCGAGGCGACCACGCGCCCTCCGCGTCACCATGGATCCGCGCAGCAGCCAGGCGCAAGAGGACGGCTTCTTCCACCCACGCGACGGCGCGTGCCCCGCCGACTCCAGCGGAAAGACAGAATGTAAAACCCAGGGTTCAATTGCCACGCGCAAGGTTCAAAAGGCTGATCGTGAGAAAATGCGAAGAGATAGATTGAATGAGCAGTTCCAGGAACTTGGAAGCACACTTGGTAAGGCACAATTGTTTGTCTCAAATAGACTACTCCCTCCATCCCATTGTAAGTGTAGTTGTGGGTTTCCGTGTCCAACGTTTGACCGTCCGTCTTATTTGAAACAATTATGAATTTTTTTTAAAAAATAAGTCAGGCATAAAGTACTATTCATGTTTTATCATCTAATAACAATATAAAAATACAAATCATAAAAAAAATTTAAATAAGACGGACGGCTAATTGTTGGAGATAGAAACCCACAATTGCACTTAAAATGGGACCGAGGGCATAATGACTTCTTGATGGATGTGTATCGATTTTATTTGTTCTAGTTAATTATTCTATGTGTTATGACTGGAAAATCATATTATGAATAAGGAAGAGTTTTCTTTAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAGAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAGGGGCCACTTTGGCCCTCCAGGGGGGGCCCGGGACCCCAATTCCCCCT 3 0 5' arm Oryza_sativa mirnest MIR812 2e-66 osa-MIR812a 2e-23 -87.9 ........(((((..(((((((.((((((((((((((((((((.((.(((((((.(((.((((((((((((((((((....((((((.((.((((((........((.((((((.((......)).)))))).))...............))))))...)).))))))......)))))))))))))))))).))).))))))).)).)))))))))))))))))))).)))))))..)))))....... (-87.9)