mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TTGAGCCGCGCCAATATCAC GATGTTGGTGAGGTTCAATC GCGATGTTGGTGAGGTTCAATCCGAAGACGGATTTACGAATTGATTCAGTCGTAAAATACGATCTCAGATTGAGCCGCGCCAATATCAC 3 0 3' arm Gossypium_hirsutum micropc MIR171_1 1e-25 tcc-MIR171c 2e-38 -39.8 ..((((((((((.(((((((((.((.((((..(((((((.(((...))))))))))...)).)))).))))))))).)))))))))).. (-39.80)